Um das Jahr 1133 gründete Markgraf Diepold III. von Vohburg auf dem damaligen bayerischem Nordgau das Zisterzienserkloster Waldsassen.
Ab etwa 1530 verstärkte die angrenzende Kurpfalz immer mehr den Druck auf das Stift, ihre Oberherrschaft anzuerkennen. Das führte schließlich im Zuge der Reformation 1560/71 zur ersten Aufhebung des Klosters.
Mit der Ansiedlung der Tuchmacherfamilien Geisel begann 1613/14 im Anschluss an den vormaligen Klosterbereich der Bau einer bürgerlichen Siedlung, wozu 1617 die Kurpfalz in der "Concessio" die landesherrliche Zustimmung erteilte.
1693 erhielt der aufstrebende Ort das Marktrecht. 1628 war auch das Waldsassener Stiftland zu Kurbayern gekommen. Kurfürst Ferdinand Maria beauftragte 1669 Zisterzienser aus Fürstenfeld, das Kloster in Waldsassen wieder zu errichten. Wenige Jahre später begann der Neubau des Klosters und der Kirche, die 1704 vollendet waren.
Der Tätigkeit der Mönche setzte 1803 die Säkularisation ein Ende. Erst 1864 konnten Zisterzienserinnen aus Landshut-Seligenthal einen Teil des früheren Klosterkomplexes erwerben und das Kloster neu besiedeln. Wegen der engen Verbindung der Ortsentwicklung mit der Klostergeschichte wird Waldsassen im Volksmund auch als Klosterstadt bezeichnet.
Das Stadtrecht erteilte Prinzregent Luitpold 1896, nachdem sich in den Jahrzehnten nach Fertigstellung der Eisenbahnlinie Weiden - Waldsassen - Eger (1865) allmählich mehrere Industriebetriebe angesiedelt hatten und der Ort einen beachtlichen wirtschaftlichen Aufschwung nahm.
Zählte Waldsassen 1721 erst ca. 1.100 Einwohner in 139 Häusern, so waren es 1905 schon 4.202 in 300 Häusern. Nach dem Bevölkerungsanstieg durch den Zustrom der Heimatvertriebenen (1945) und dem Gebietszuwachs durch die Gemeindezusammenlegung (1972) beträgt die Einwohnerzahl heute rund 8.000. Das Gemeindegebiet umfasst 6.555 ha.
Am 01.07.1990 wurde der frühere Grenzübergang Waldsassen / Cheb (Eger) zunächst für Fußgänger und Radfahrer wieder eröffnet. Seit 01.11.1990 steht dieser Grenzübergang auch für den PKW-, Bus- und örtlichen LKW-Verkehr offen.
Waldsassen ist seit 1956 Patenstadt der Stadt Chodau (in der heutigen Tschechischen Republik) und der französischen Stadt Marcoussis und der Stadt Pencoed in Wales.